Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep., [05.05.2024 2:43]
Ещё одну фрактальную спираль удалось определить "мокрыми методами".
В таблице для расчёта корреляции этот белок числится под номером 00244
И ещё одну. В таблице для расчёта корреляции этот белок числится под номером 00261
Ну очень длинные спирали увидели, наконец, "мокрые методы".
В таблице для расчёта корреляции этот белок числится под номером 00262
"Мокрые методы", наконец, осовили идентификацию фрактальных спиралей.
В таблице для расчёта корреляции этот белок числится под номером 00263
Фрактальные спирали уже "на потоке" исследований "мокрыми методами".
В таблице для расчёта корреляции этот белок числится под номером 00264
00266
00268
00269
Экспериментаторы всё больше радуют. Уже два участка фрактальных спиралей разных типов смогли более или менее адекватно изобразить!
00270
00272
00273
00274
00276
00275
00277
00278
00279
00280
00281
00282
00283
00284
00285
00286
00287
00288
00289
00290
00291
00292
00293
00294
00295
00296
00297
00298
00299
00300
00301
00302
00303
00304
00305
14:24 Программист: Я понял в чем дело. На картинке Вы рассматриваете совпадение между какими столбцами таблицы? Надо между BCFC и BCPC - то есть кодами-1, с подрезанными спиралями. Мы же ищем корреляцию по нулям между скорректированными кодами-1 для обоих файлов ? Скорректированными - с подрезанными спиралями, имею в виду.
То есть вот эти значения тоже учитываются (я их подрисовал для части рисунка)
Для папки 00002 имеем следующую картину:
Корреляция ищется между выделенными фрагментами
15:33 Александр Кушелев: А, т.е. иксы в этом случае рассматриваются как нули? Это - мой косяк. Иксы нужно выкинуть из расчёта корреляции. Обрезанные куски спиралей учитывать нельзя. Я нарисовал как раз ту схему, которую придётся использовать для расчёта корреляции "по нулям". Я предполагаю, что в коде-1 иксы можно изобразить, например, двойками и не учитывать при расчёте корреляции. В итоге корреляция по единицам не изменится, а корреляция по нулям уменьшится. Но это нестрашно. :)
17:04 Программист: То есть корреляция по нулям должна искаться для кодов-1 , которые не подрезаны по единицам? Или только какой-то один из кодов-1 не подрезан?
Если вот на эти данные опираться, то ищем корреляцию по нулям для каких частей?
17:06 Александр Кушелев: Оба кода должны быть подрезаны, но подрезанная часть не должна использоваться в расчёте корреляции. Иксы исключаем. Вы можете в этих файлах подрезанную часть единиц заменить не на нули, а на двойки? И двойки не учитывать при расчёте корреляции.
17:07 Программист: Но это будет равносильно расчету корреляции между неподрезанными кодами-1
17:08 Александр Кушелев: Нет. Это будет другой расчёт. Можете убедиться экспериментально :) Одно дело, когда ноль попадает на ноль, а другое дело, когда на двойку (на икс). Вы же видели, что по этой схеме получается другая величина корреляции:
17:09 Программист: Единицы, ставшие нулями в pdb (иксы), учитываются в общем числе нулей кода-1 pdb? Делитель имею в виду: x/y = cor0
17:10 Александр Кушелев: Иксы (можно заменить на двойки) нигде не должны учитываться. Я не понял про х/y
17:11 Программист: Вот про эту формулу
17:12 Александр Кушелев: На схеме с примером корреляция по "нулям" конкретно 16/(8+16)
17:12 Программист:
X - попавшие нули
Y - всего нулей
Вот в y попадают иксы? Или тоже нет? Что в x нет это уже понял.
17:13 Александр Кушелев: Если всего нулей ноль, то программа выводит сообщение. В чём проблема? Иксы никуда не попадают.
17:13 Программист: Тогда по идее и подрезание не нужно... Конкретно для корреляции по нулям. Или я жёстко туплю?
17:14 Александр Кушелев: Подрезание нужно. Иначе мы будем использовать ненадёжные данные, которые мы заменяем иксами.
17:14 Программист: Ну, поставим мы там двойки вместо единиц по краям спиралей.. Что изменится?
17:14 Александр Кушелев: Двойки - это цифры, а иксы - символы. В коде-1 пусть будут только цифры.
17:15 Программист: Мы же с ними работать не будем, будем их игнорировать
17:15 Александр Кушелев: А на расчёт корреляции икс или 2 - без разницы, т.к. их нельзя учитывать.
17:15 Программист: Мы, наверное, про разные вещи говорим. Вывод таблицы не изменится.
17:15 Александр Кушелев: Формат-то у нас цифровой. Зачем заморачиваться с символьным форматом?
17:16 Программист: Таблица Кода-4 будет выводиться как сейчас. Так и есть.
17:16 Александр Кушелев: Это понятно. Но код-1 лучше не делать символьным. Пусть будет цифровой формат.
17:16 Программист: У меня нет привязки к символам в коде 1.
17:16 Александр Кушелев: Тогда без разницы.
17:17 Программист: Ок, я алгоритм этот переделаю.
17:17 Александр Кушелев: Главное - не учитывать обрезанные единицы.
17:17 Программист: Буду ориентироваться на результат 66,667 для папки 00002.
17:18 Александр Кушелев: Отлично!
17:36 Программист
Photo 339×114, 10.4 KB
а вот эти два нуля почему не учтены?
18:04 Александр Кушелев: Так иксы же против них. А иксы мы не учитываем.
18:06 Программист: И в общий счётчик нулей они не попадают?
18:06 Александр Кушелев: Естественно.
18:06 Программист: Странно, ну ладно.
18:06 Александр Кушелев: Они же не нули :)
18:07 Программист: Почему они не нули?
18:07 Александр Кушелев: Потому что они "неизвестно что" :) Иксы.
18:07 Программист: Иксы слева же, в фасте. А я про pdb
18:07 Александр Кушелев: Экспериментальные методы не дают надёжных результатов. А нам для корреляции нужны надёжные.
18:08 Программист: Ок, значит надо ещё учитывать чтоб в фасте были не иксы
18:08 Александр Кушелев: Эксперименты ищут спирали, поэтому "по единицам" достаточно обрезать только единицы по PDB.
Да. Никакие иксы использовать для расчёта корреляции нельзя. Кстати, интересно посмотреть, что будет, если единицы по фасте не обрезать. Уменьшится корреляция по нулям или увеличится?
18:11 Программист: Она такой же будет. 66,67 Но я проверю.
18:12 Александр Кушелев: Это надо проверить. Мне кажется, что изменится. Я бы даже для отладки алгоритма внёс включение обрезания по фасте в ини-файл.
18:13 Программист: В знаменателе при расчете корреляции по нулям у нас общее число нулей в подрезанном pdb?
18:13 Александр Кушелев: Да, конечно в подрезанном PDB.
18:13 Программист: Но минус нули, которые попадают на иксы фасты?
Вот.
18:14 Александр Кушелев: Да. Те, что попадают на иксы фасты, не учитываем.
18:14 Программист: Ок
18:15 Александр Кушелев: Но хотелось бы в ини-файле задавать режим "подрезаем единицы по фасте или не подрезаем". Типа "Подрезание единиц по фасте включено/выключено.
18:15 Программист: Если корреляция от этого будет меняться, то сделаем. Но сначала проверю.
18:16 Александр Кушелев: ОК. Должна меняться однозначно.
18:16 Программист: Сейчас алгоритм сделаю с новыми требованиями и попробую на фасте неподрезанной.
18:17 Александр Кушелев: ОК.
18:29 Программист: Корреляция для подрезанной фасты будет отличаться ввиду того, что в ней не будет иксов и знаменатель дроби (общее число нулей в pbd) может стать другим. Именно в этом только разница будет
18:30 Александр Кушелев: ОК
18:30 Программист: То есть вот эти два нуля, которые я выделил войдут в общее число нулей pdb и получится
16/26
18:30 Александр Кушелев: Вот и посмотрим, в какую сторону будет меняться корреляция и на сколько. Ага. Значит ещё слегка уменьшится
18:31 Программист: Да.
18:31 Александр Кушелев: А для каких-то белков может и увеличиться
18:32 Программист: Если я не ошибаюсь, то только может быть равно или же меньше. Сейчас я запущу для всей таблицы и гляну
18:32 Александр Кушелев: Или больше :)
19:06 Программист: телеграм качество ухудшает, не вижу, что внизу написано...
А, все, разглядел на телефоне, но зернисто очень. Да, у меня такие же результаты для папки 00002 получились. а общую картину сейчас пришлю. Везде с оригинальной фастой (неподрезанной) корреляция по нулям получается меньше, либо в редких случаях равной.
19:14 Александр Кушелев: Понятно. Подрезание спиралей по фасте увеличивает корреляция по той причине, что в подрезанной части (в иксах) менее достоверная информация.
19:17 Программист: Да. А если с точки зрения формулы смотреть, то меняется только знаменатель дроби (общее число нулей pdb). При подрезанной фасте это значение часто меньше (редко такое же), так как в случае икса знаменатель не инкрементируется.
19:19 Александр Кушелев: Понятно.
А следующая задача - это новый формат вторичной структуры.
19:20 Программист: Завтра начну изучать этот момент подробнее по ссылкам, что Вы прислали.
19:20 Александр Кушелев: Ура!
19:21 Программист: В итоге мы как ищем корреляцию по нулям? С подрезанной фастой? И в конфиге это не регулируем?
19:21 Александр Кушелев: А можно два варианат в конфиге задать? Или или
19:21 Программист: Вообще да. Если это нужно, я могу сделать. Это регулировка именно для корреляции по нулям будет. Некий флаг, подрезать ли фасту. Если 1 - да, 0- нет
19:23 Александр Кушелев: Да.
19:24 Программист: Окей, я это учту, как новый этап сделаем.
19:24 Александр Кушелев: ок
И промежуточный вариант программы присылайте с выбором обрезаем/ не обрезаем.
19:29 Программист: Ок
4 May 2024
00:19 Александр Кушелев: Я понял, почему уменьшается корреляция, если не подрезать спиральные участки по фасте. Дело в том, что "мокрые методы" легко ошибаются на 5 аминокислотных остатков в позиции участка. Длину спирального участка они определяют точнее. Именно по этой причине максимальная корреляция будет в том случае, если спиральные участки по PDB и по фасте будут подрезаны на одинаковое число аминокислотных остатков.
Отсюда следует, что при расчёте корреляции "по единицам" нужно тоже подрезать не только спирали по PDB, но и спирали по фасте.
Короче, нужно ещё доработать алгоритм. В файле конфиг.ини сделать выбор "подрезать/не подрезать" спирали по фасте не только для расчёта "по нулям", но и при расчёте по единицам. А если я допустил ошибку в рассуждениях, то корреляция "по единицам" уменьшится, что тоже будет интересным результатом.
Кстати, подрезание фасты тоже должно задаваться двумя числами (слева и справа).
Короче, в файле конфиг.ини нужно задавать 8 параметров:
Расчёт корреляции "по единицам".
1. Подрезание единиц по PDB (с заменой на иксы или двойки) слева. 0...10
2. Подрезание единиц по PDB (с заменой на иксы или двойки) справа. 0...10
3. Подрезание единиц по Fasta (с заменой на иксы или двойки) слева. 0...10
4. Подрезание единиц по Fasta (с заменой на иксы или двойки) справа. 0...10
Расчёт корреляции "по нулям".
5. Подрезание единиц по PDB (с заменой на иксы или двойки) слева. 0...10
6. Подрезание единиц по PDB (с заменой на иксы или двойки) справа. 0...10
7. Подрезание единиц по Fasta (с заменой на иксы или двойки) слева. 0...10
8. Подрезание единиц по Fasta (с заменой на иксы или двойки) справа. 0...10
08:52 Программист: Окей, начинаю это делать.
Новые требования с подрезаниями вызвали ряд вопросов:
1) именование файла с результатами теперь стало проблемным, если раньше было только 2 параметра, то теперь их 8. Раньше было типо такого correlation_results_5_5.txt Как именовать будем теперь?
2) в таблицу с кодом-4 раньше попадали подрезанные коды-1 и оригинальные, проблем не было. Сейчас подрезания отличаются для корреляций по нулям и единицам. Какие именно подрезанные коды-1 должны попасть в эту таблицу?
Voice message 02:02, 2.4 MB
12:17 Александр Кушелев: Просто results.txt
Все. Должно добавиться ещё нужное число столбцов.
Статистика по числу участков берём с оригиналов.
12:19 Программист: Окей
12:20 Александр Кушелев: А можете прислать ту версию программы, которая сделала вчера два файла, которые Вы прислали? Я пока хочу с ней поработать.
12:21 Программист: Вот тут проблема, я уже в процессе написания нового функционала, а именно той версии рабочей у меня не осталось...
Сейчас попробую сделать
12:22 Александр Кушелев: Не напрягайтесь. Просто первую попавшуюся версию, которая у Вас будет, присылайте на тестирование того, что уже реализовано.
Вы просто не стирайте промежуточные версии. Они мне тоже нужны для архива.
Мой опыт показывает, что иногда можно что-то упустить из-за удаления промежуточных версий.
12:30 Программист: Их все можно из нашей переписки взять, кстати. Я просто у себя храню две версии: последнюю реализованную и сырую, которую делаю
А то, что я вчера присылал, это я сделал не через конфиг. Я в сырой версии правки делал и получал разные результаты. То есть там обрезание фасты не через конфиг регулировалось. Оперативный эксперимент был своего рода. На сырой версии.
12:33 Александр Кушелев: Всё, что было в переписке, у меня сохранено. Вы просто отправляйте все промежуточные результаты для архива лаборатории Наномир. А у себя можете удалять, если места не хватает. А вообще при первой возможности нужно будет купить для Вас жёсткий диск. Будем надеяться, что скоро появятся финансовые возможности.
Понятно. Ну тогда присылайте ту, которая будет ближайшей скомпиллированной.
12:35 Программист: Ок, сейчас как-раз работаю над этим. Новые параметры по подрезаниям внедряю.
12:35 Александр Кушелев: Отлично! Самое ценное - это наше с Вами время.
Кстати, интересно, сколько чистого времени Вам потребовалось, чтобы написать все версии программы, включая ту, что Вы сейчас доделываете?
13:25 Программист: Сложный вопрос! Я не вел учёт времени, но обычно, когда я сажусь поработать над программой, я от 5 до 8 часов это делаю, с перерывами
Это по нерабочим дням. По рабочим - часа по 2 максимум.
Кстати, сейчас уже есть сырая версия для корреляции по единицам, и я могу сказать, что если фасту подрезать (например, по 5 единиц с обеих сторон), то корреляция сильно уменьшается. Прям разительно.
Сегодня к вечеру, возможно, будет уже доделано. Либо же завтра, если не успею сегодня
13:50 Александр Кушелев: Это радует. Значит результат есть! Особенно меня радует, что Вы быстро работаете.
15:18 Программист: Окей
22:15 Александр Кушелев: Такая пара файлов должна будет обрабатываться доработанным алгоритмом программы (см. папку 00226)
Это - секция вторичной структуры в файле html
Нас интересуют строки helix. Это - единицы. Остальное - нули.
А это - секция с аминокислотной последовательностью для синхронизации с аминокислотной последовательностью из Fasta
Если эту страницу сохранить на жёсткий диск, то секция вторичной структуры не видна.
Можно сделать так, чтобы программа брала данные о вторичной структуре в режиме онлайн с сайта по ссылке? Ну или придумать, как сохранять секцию вторичной структуры. Можно вручную сохранять эту секцию, что, конечно, не так весело...
16-32 Helical
Любопытно, что аминокислотная последовательность видна и при сохранении на жесткий диск.
В этом случае интерено, чтобы программа сначала пыталась работать "по-старому", т.е. обрабатывала фасту и ent, а если по ent не получается, тогда уже брала бы вторичную структуру из файла html. Хотя ещё интереснее, если очерёдность ent/html задаётся в конфиге
В будущем интересно, чтобы программа сама брала эти данные по аналогичной ссылке. А если она ещё и ссылки сама будет находить, то тогда программа сможет обработать всю базу данных автоматически.
02:30 Александр Кушелев: data_for_correlation.rar 223.0 MB
Это новые папки для data_for_correlation. Добавьте их в свою папку, чтобы тестировать новые версии программы. Нужно, чтобы программа удаляла ненужные ей файлы, если это указано в файле конфиг. Нужна конкатенация единиц из нескольких файлов ent. Короче, для Вас у меня план работ на перспективу...
08:23 Программист: Здравствуйте, Александр!
Будем попробовать сделать все это по мере возможностей.
А сегодня я доделаю новую версию, в которой алгоритмы расчета корреляций работают с учётом новых требований по подрезаниям.
09:20 Александр Кушелев: Отлично!
data_for_correlation.rar 5.5 MB
Дополните, пожалуйста папку data_for_correlation
Должен получиться комплект из 255 папок
13:13 Программист: ок
Binary_SS.rar 733.6 KB - новая версия программы
Там исполняемый файл и конфиг. Проверьте, правильно ли, на Ваш вгляд, вычисляется корреляция с учетом подрезаний
13:18 Александр Кушелев: Благодарю! Сейчас буду проверять...
correlation_results.txt 26.2 KB
На первый взгляд всё очень здОрово. Некоторые папки в конце списка пропущены. Это непонятно. Можно выводить сообщение, по какой причине?
config.ini 5.2 KB
Можете у себя обновить конфиг? Чтобы программа показывала в том же виде, что и у меня.
13:51 Программист: Пропущены папки, в которых нет fasta или pdb/ent, скорей всего
Можно сделать, чтобы это выводилось. Поправлю.
13:54 Александр Кушелев: Да. В этих папках нет PDB, но есть html. В некоторых html есть секции вторичной структуры (новый формат), но эти секции видны только на сайте uniprot. Ближайшая задача - научиться брать вторичную структуру в новом формате. Скорее всего её придётся брать с сайта uniprot по ссылке, которую я сохраняю в виде ref.txt Если это проблематично, то придётся сохранять вторичную структуру вручную...
14:01 Программист: Я попробую сделать, но пока не могу сказать, насколько сложно это будет и получится ли
14:02 Александр Кушелев: ОК.
14:03 Программист: А код-4 и псевдографика правильно выводятся, не проверяли?
14:04 Александр Кушелев: На первый взгляд правильно. Но это сразу не проверить. Постепенно выяснится, если что-то не так.
14:04 Программист: Удобно ли колонки справа расположены? Порядок можно поменять, если что.
14:04 Александр Кушелев: Да, всё отлично. Будем работать...
14:04 Программист: Окей
20:49 Александр Кушелев: Присылайте архив с исходниками.
6 May 2024
04:01 Программист: Здравствуйте, Александр. Я сегодня архив пришлю.
07:36 Александр Кушелев: Благодарю!
Нам нужно в первую очередь запрограммировать очень простую, но важную часть программы. Если в папке содержится файл HELIX.txt, то это значит, что вся структура - спираль, т.е. сплошные единицы. Если в папке нет файла PDB, то в выходной таблице нужно вывести вместо него "HELIX", корреляция по единицам будет 100%, по нулям HO, суммарная 100%. Число спиральных участков будет 1, длина - весь белок.
Таблица должна выглядеть как-то так.
08:41 Программист: Окей, сделаем!
13:42 Александр Кушелев: data_for_correlation.rar 145.6 MB
Добавьте, пожалуйста обновлённые папки в data_for_correlation. В некоторые папках я добавил файл HELIX.txt Большинство мембранных белков, кроме длинной спирали, имеют ещё довески, как в этом случае:
Делать секцию вторичной структуры в файле PDB от Альфафолд очень трудоёмко, поэтому хотелось бы задать эту единственную длинную спираль в файле HELIX.txt
Например, в таком формате:
00047 00724
Первое пятизначное число - начало спирали, второе - конец.
Если чисел не задано, т.е. файл пустой, значит весь белок от начала до конца - сплошная спираль.
Пример файла HELIX.txt с заданием спирали находится в обновлённой папке 00251
Если в папке есть файл PDB и файл HELIX.txt, то в выходную таблицу нужно записать название файла PDB
И не забывайте промежуточные результаты присылать. Они в будущем могут понадобиться.
14:24 Программист: Binary_SS.rar 758.7 KB
Архив с исходниками новой версии. Ок, учту это
19:42 Александр Кушелев: Если в папке есть файл HELIX.txt, то это означает, что корреляция по единицам 100%, хотя это могут быть фрактальные спирали, т.е. периодическое чередование любых кодов. Поэтому в файлах code4.txt пусть будет то, что будет по фасте, а в файле result.txt должно быть Cor=100
Может быть имеет смысл использовать другой символ псевдографики для обозначения фрактальной спирали по PDB. И вместо единицы обозначать его либо другой цифрой, либо символом типа F (Fractal helix).
00244.rar 983.7 KB
Здесь альфа-спираль. Не фрактальная.
Для белка в папке 00244 программа выдала Cor1 99.86%, а при наличии файла HELIX во всю длину белка, корреляцию Cor1 нужно исправлять на 100%.
7 May 2024
04:46 Программист: Надо нам будет план работ сделать, а то уже столько накопилось задач. Нужно их структурировать и как-то зафиксировать.
Я над новой версией смогу на праздниках поработать.
07:20 Александр Кушелев: ЗдОрово! Праздники "не за горами" :)
Начать нужно с простого. С чтения файла HELIX.txt
08:02 Программист: Я помню, Вы ещё писали, что если есть pdb/ent файлы, то приоритет за ними. Но они все могут не подойти, в теории. Тогда уже берется HELIX.txt?
09:09 Александр Кушелев: Если есть HELIX.txt, то от PDB файлов берём только название. Приоритет у HELIX.txt
В конфиге сейчас задаётся символ псевдографики для вторичной структуры по фасте и PDB:
pseudographics1 = "черный прямоугольник"
Можно задавать разные символы для кода-1 по фасте и кода-1 по PDB?
В этом случае будет понятно, что сплошная спираль из PDB это не то же самое, что сплошная спираль по фасте.
Тут нюанс заключается в том, что программа по фасте даёт реальную тонкую структуру, например такую фрактальную спираль
Корреляцию для фрактальных спиралей считать не нужно. Она 100%.
Другими словами, если в папке есть HELIX.txt, то корреляция по единицам 100%
Если в файле HELIX.txt заданы начало и конец спирали, то код-1 нужно выровнять по этим числам. Т.е. взять часть фасты от начала и до конца спирали из PDB
11:20 Программист: Ок, буду пробовать.
Кстати, если Вы будете делать файлы HELIX.txt, то просьба там задавать значения в таком виде:
47 724,
А не:
00047 00724
Если это не критично конечно. Первый вариант будет проще обработать.
13:11 Александр Кушелев: ОК. Без нулей, с пробелом в качестве разделителя?
13:36 Программист: Да
13:39 Александр Кушелев: ОК
data_for_correlation.rar 140.5 MB
Добавьте, пожалуйста исправленные папки 246...302
16:25 Программист: Ок
Продолжение следует...
Приглашение к сотрудничеству
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Инвестирование научных проектов
Приглашаем инвесторов и меценатов.
Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?
- Вложить деньги в научные разработки.
Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, высокие технологии.
Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.
Готовые коммерческие продукты
1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY
2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки
3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов
4. Технология изготовления сапфировых линз
5. Магнитный тороидально-сферический конструктор
Проекты
01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)
02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)
03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)
04 Октаэдрический редуктор
05 Шестеренчатая передача Кушелева
06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей
07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель
08 Гибкий отражатель из жестких элементов
09 Энциклопедия "Наномир"
10 Экспертиза
11 Конструктивные компьютерные игры
12 Интеллектуальный кодовый замок
13 Очки кругового обзора
14 Тетраэдрический сканер
15 Программируемая архитектура
16 Источник энергии промышленной частоты
17 Источник энергии постоянного тока
18 Монокристаллическая видеокамера
19 Система определения активных участков белка
20 Тераваттный лазер непрерывного действия
21 Бактериальный синтез алмазов
22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы
23 Сверхсветовая связь
24 Безосевая шестеренчатая передача
25 Aктивный язык программирования
26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов
27 Микроволновая архитектура
28 Компьютерный экран из автономных элементов
29 Чтение / запись ДНК
30 Сверхсветовая локация / зрение
31 Нейтрализатор акустического сигнала
Коммерческое предложение:
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
